L’hypothèse d’un assassinat a été émise pour la première fois par Eike Pies dans son livre « Der Mordfall Descartes », Aufl. Köln, 1991. La thèse a été développée ensuite par Theodor Ebert, universitaire allemand, dans son livre "Der Rätselhafte Tod des René Descartes", non traduit, Alibri Verlag, 2009. Tous les deux identifient François Viogué, aumonier à l'ambassade de France à Stockholm comme le meurtrier. Il aurait vu en Descartes un obstacle à la conversion au catholicisme de la reine Christine et l'aurait empoisonné au moyen d'une hostie contenant une dose mortelle d'arsenic le 2 février 1650.
Theodor Ebert justifiait ainsi sa théorie au magazine l'Obs en février 2010:
"La version officielle ne s’accorde pas bien avec les symptômes constatés dans les rapports sur la maladie, surtout avec ce que nous trouvons dans la longue lettre (en latin) du médecin Van Wullen et dans la lettre (en néerlandais) de Henri Schluter, le valet de Descartes.
Van Wullen raconte qu’en examinant l’urine de Descartes, il a vu que le philosophe était atteint de quelque chose de très grave (il emploie le mot grec « deinon ») et en a conclu à une mort imminente. Cela veut sans doute dire qu’il y avait du sang dans l’urine.
Or, ce n’est pas là un symptôme de pneumonie. C’est en revanche un symptôme d’empoisonnement, notamment à l’arsenic.
Van Wullen rapporte en outre que Descartes s’est fait préparer un émétique et qu’il l’a bu afin de provoquer un vomissement. Quelle conclusion en tirer, sinon que le philosophe, qui connaissait bien la médecine de son temps, croyait avoir été empoisonné ?
Par la suite, la reine Christine de Suède a obligé Van Wullen à ne pas divulguer sa lettre. Cela montre qu’elle aussi s’était aperçue que, dans cette lettre, il n’était pas question d’une pneumonie. Bien sûr, Van Wullen dit que Descartes est mort d’une pleurésie (« peripneumonia »), donc d’une maladie des poumons.
Mais il est évident qu’il n’aurait pas pu parler ouvertement d’un empoisonnement (pas plus que Chanut) : cela aurait été un scandale absolu, et en ce temps-là il n’y avait aucun moyen scientifique de démontrer qu’une mort avait été causée par l’arsenic.
Les preuves formelles accusant Viogué étaient déjà minces mais le coup fatal à cette théorie a été porté par le Dr Charlier en octobre 2020. Le médecin légiste a en effet procédé à l'ouverture de la tombe de Descartes dans l'Église Saint Germain des Prés et fait réaliser une analyse toxicologique sur les ossements découverts. Aucune trace d'arsenic ni de mercure n' a été mesurée.