Le 26 février 1819, on transféra en cérémonie les cendres de Descartes ainsi que celles de Montfaucon et de Mabillon à l'église Saint Germain des Prés et on les déposa dans la chapelle dite de Saint-François de Sales où des tables en marbre noir portent des inscriptions qui attestent la date de leur mort et de leur translation en ce lieu (d'après Jacques-Antoine Dulaure, Histoire de Paris, Paris, Furne et Cie, 1839, 6e éd., tome premier)
Jean-Baptiste Joseph Delambre, secrétaire perpétuel de l'Académie des Sciences, qui a assisté à la cérémonie de 1819, relate en ces termes la translation des restes de Descartes dans son Histoire de l'Astronomie Moderne :
"Pendant la révolution française, à la spoliation des églises, les restes de Descartes avaient été déposés au Musée des monumens (sic) français ; en 1819 ils furent transportés solennellement dans l'église de Saint Germain des Prés. Là, on ouvrit publiquement la caisse qui renfermait les ossemens (sic). Sur une caisse intérieure était attachée une plaque de plomb, sur laquelle, après l’avoir nettoyée, nous pûmes lire une inscription fort simple, portant le nom de Descartes, avec les dates de sa naissance et de sa mort. Avant de descendre les ossemens dans le caveau destiné à les recevoir, on avait fait l’ouverture 3e la caisse intérieure, et l’on en avait tiré quelques ossemens ; un seul avait une forme reconnaissable, c était l os de la cuisse ; le reste était ou peu remarquable ou tout-à-fait réduit en poudre. J ai dit que ces restes avaient été transportes solennellement, c’est-à-dire que cette pompe était celle d un convoi ordinaire ; la cérémonie était présidée par le maire de l’arrondissement ; quelques membres de l’Institut composaient le cortège, et pour tout chant triomphal on exécuta un libera et le dies irœ (et ab luedis me sequestra) ; on demanda à Dieu de ne pas confondre Descartes avec les boucs et les réprouvés."
In Histoire de l’Astronomie Moderne, M. Delambre, Paris, 1821, Tome second, page 200
En octobre 2020, le Dr Philippe Charlier, médecin légiste, a procédé à l'ouverture de la tombe de Descartes dans la chapelle de l'église.
Dans une niche située sous la dalle, ont été retrouvés un fragment de fibula (péroné), un fémur de 37cm et un tibia complet de 36 cm. Ils étaient accompagnés d'une plaque contenue dans la boite ayant servi à rapatrier les os de Suède et qui portait l'inscription suivante: "Ici sont enfermées les cendres de René Descartes, ce grand et incomparable mathématicien et philosophe qui décéda en Suède en l’année 1650 et qui furent apportées en France par les soins de Pierre d’Alibert conseiller du roi, trésorier de France à Montauban en l’année 1667". Figurait également une pièce de monnaie en métal cuivreux datant de 1791 souvenir d’une précédente translation du corps.
L'analyse des os a montré le développement de lésions dues à l’arthrose et peut-être de d'un début d'ostéoporose. Leur analyse toxicologique n'a montré ni la présence d'arsenic, ni celle de mercure otant ainsi toute crédibilité aux théories de l'empoisonnement du philosophe.
A partir d'un os long, il est possible de déterminer la taille d'une personne meme si la fiabilité est moins bonne qu'en utilisant un membre complet par exemple. A partir du tibia qui a été retrouvé, on obtiendrait ainsi une taille de 163cm en prenant le coefficient de 4,53 (E. Rollet). Ceci correspondrait à la description qu'en donne A. Baillet: "Le corps de Monsieur Descartes était d'une taille un peu au-dessous de la médiocre".